Ukeleleの基本的な使い方とかキーボードレイアウトの作り方はこちらを参考にしてください。
ただしいくつか注意点があって、Ukeleleから出力するときに*.bundleファイルではなく*.keylayoutファイルを出力してください（ついでに、これだとログイン画面とかでも使えるようになります）（あとPress&Hold機能が使えなくなるらしい。このマニュアルの4.6.をみて）。もしくはすでに保存した*.bundleファイルがあるなら、中から*.keylayoutを取り出せます。
そして表題の日本語入力時に使う方法ですが、直接*.keylayoutをUkeleleで開いて、キーボードレイアウトのスクリプトをRomanに変更します（なおこ1の設定は*.bundleファイルを開いてRomanに変更してもなぜか次に開くとUnicodeに戻っていてぁゃιぃので、直接*.keylayoutファイルを開いて変更したほうがいいです）。
/Library/Keyboard Layouts/に*.keylayoutをインストール（普通にファイルをぶち込むだけです）して再起動します。するとmacOSの日本語入力の設定でそのレイアウトを選べるようになります。
嬉しいですね。
以上の情報のソースはこちらでした。
下の脚注は書きかけなわけではなくただ無意味なので無視してください。