ソースコード

以下をブックマークに登録

javascript: {
  window.addEventListener('pointermove', ev => {
    const el = document.createElement('div');
    Object.assign(el.style, {
      width : '10px',
      height : '10px',
      backgroundColor : 'red',
      borderRadius : '50%',
      position : 'fixed',
      left : `${ev.x}px`,
      top : `${ev.y}px`,
      opacity : '1',
      transition : 'opacity .3s',
    });
    document.body.appendChild(el);

    setTimeout(() => {
      el.style.opacity = '0'; 
      setTimeout(() => el.remove(), 300);
    }, 500);
  });
}

デモ

制約

Chromeでテストしたところ、ブラウザがHTMLを開いている時には機能するのですが、PDFを開いているときにはこのブックマークレットは機能しませんでした。

元々PDFをChromeでプレゼンテーションしているときにレーザーポインターを使いたかったので残念。

謝辞

@ishi720 さん、スクロールしたときの挙動のご指摘ありがとうございます。
@onjhthrw368 さん、pointermoveイベントでのご提案ありがとうございます。コードまるごと全面採用させていただきました。