参考URL:http://p-note.info/?p=342

1.config.phpを設定する

application/config/config.phpを以下のように設定する。

$config['index_page'] = "";

$config['uri_protocol'] = "AUTO";

2.htaccessを設定する

CodeIgniterのフォルダの直下に以下の内容の.htaccessを置く

RewriteEngine On
RewriteCond %{REQUEST_URI} ^/system.*
RewriteRule ^(.*)$ index.php?/$1 [L]
RewriteCond %{REQUEST_FILENAME} !-f
RewriteCond %{REQUEST_FILENAME} !-d
RewriteRule ^(.+)$ index.php?/$1 [L]

最終行の「RewriteRule ^(.+)$ index.php?/$1 [L]」はドメイン直下にCodeIgniterがある場合。
ディレクトリ構成に合わせて要変更。