概要
- ターミナル上で処理した画像（一枚絵やスタック）をImageJで開いて確認することがよくある．流れ作業でやっていると，キーボードからマウスにいちいち持ち替えてD&Dで入力するのが面倒になってきた．
- そこで，ターミナルでコマンドを打って画像を開く仕組みを作った．
- これがあると，他の画像処理スクリプトに自動でImageJで開く処理を組み込まることもできるので，使い道が広そう．
作ったもの：コマンド化するためのバッチファイルとImageJマクロ
- こちら：https://github.com/xrm-bl/imagej-tools/tree/main/cui-open
- バッチファイルにPATHを通すことでコマンド
ijで入力できるようになる． -
ij [file_path]画像一枚を開く -
ij [dir_path]画像スタックを開く -
ij [dir_path] v画像をvirtual stackで開く -
ij [dir_path] [i] [j]指定フォルダ内のi番目からj番目までの画像をスタックで開く -
ij [dir_path] [i] [j] v指定フォルダ内のi番目からj番目までの画像をvirtual stackで開く - 画像の入力パスは絶対/相対両方OK（のはず）
解説
基本的な仕組み
- 画像一枚だけ開くのであれば，以下でOK
ImageJ.exe C:\hogehoge\hogehoge\image.tif
- スタック（ディレクトリ）を指定するには，ImageJマクロを作る．
open-macro.ijm
run("Image Sequence...", "open=[C:\\hogehoge\\image-dir-path] sort");
// sortはsort names numericallyオプションをオンにするという意味
- ImageJをマクロ付きで実行する．
ImageJ.exe -macro open-macro.ijm
- これで画像がスタック（Image sequence）で開かれる．
改良：virtual stackや画像番号の指定
- virtual stackで読み込むときはuseをつける．"use (virtual stack)"
run("Image Sequence...", "open=[C:\\hogehoge\\image-dir-path] sort use");
- 画像番号はnumber=, starting=, increment=,で指定できる
run("Image Sequence...", "open=[C:\\hogehoge\\image-dir-path] number=4 starting=2 increment=1 sort");
改良：画像のパスを引数にする
- シンプルに入力パスのみを引数にする場合は，以下．
open-macro2.ijm
input = getArgument();
input = File.getAbsolutePath(input);
run("Image Sequence...", "open=[" + input + "] sort");
- パスを引数にして実行すればOK
ImageJ.exe -macro open-macro2.ijm C:\hogehoge\image-dir-path
改良：各種オプションを引数にする
- virtual stackにするかどうか，とか，いろいろオプションをつける（引数を増やす）場合は，工夫が必要．
- 理由① ImageJ macroは１個しか引数を受け付けてくれない．
- 理由② ImageJ macroの引数で半角スペースで空いた文字列以降は，別の引数として無視される．
- 理由③ コンマ記号は引数の区切り文字として認識される．(アットマークは区切り文字としては認識されない．)
- 今回は，以下の仕組みとした．
-
ij [dir_path] [i] [j] vと入力されたら，バッチファイル内で[dir_path]@[i]@[j]@vという文字列を作り，ImageJマクロに１個の引数として読み込ませる． - ImageJマクロ内で引数をアットマークで分割する(
argsArray = split(args, "@");)． - 分割した変数をオプションとして使う．
- これに加えて，作ったバッチファイルでは，引数の数に応じて場合分けや入力内容のエラー判定，相対パス→絶対パスへの変換，を行っている．