値を設定する前にinitializeで初期化を行っておく。
これをしておかないと、deainitializeを呼び出したりした際にクラッシュする。

一応、
deinitializeメソッドのリファレンスでもinitializedされている必要があると記載がありますが、確実にクラッシュするわけではないので注意です。

main.swift

import libfoo

let fooPointer = UnsafeMutablePointer<Foo>.allocate(capacity: 1)

// 値を受け取る前にinitializeメソッドで初期化を行っておく
fooPointer.initialize(to: Foo())

// 値を受け取る
setFoo(fooPointer)

コメントにて、
@t-ae さんからUnsafeMutablePointer<T>ではなく、以下でも値を受け取ることができるとご教示頂きました。

main2.swift

var foo = Foo() 
setFoo(&foo)

上記のコードは、UnsafeMutablePointer<T>版の糖衣構文になっていますので、
initializeはまさにfoo変数宣言時に必要な初期化(var foo = Foo())であると考えられます。

一応C側のコードは以下のようなのを想定

foo.h

typedef struct {
        char* name;
        int age;
} Foo;

void setFoo(Foo* foo);

foo.c

void setFoo(Foo* foo) {
        foo->name = "tanaka";
        foo->age  = 10
}