【備忘録】棒グラフに個別データを重ねるやつ （その２）：geom_bar + geom_point + geom_line

はじめに

前回の続きです。. . . って1年以上前かよ。

最近実験心理学系の論文で流行っている棒グラフに個別データを載せるやつ。
完成形はこんな感じ↓

geom_barで棒グラフ, geom_pointとgeom_lineで個人データを描きます。

目次

1. 下準備
2. 平均と標準偏差を出す
3. グラフを描画
4. 終わりに

下準備

今回使うデータです。
このdfというデータは個人プロット (geom_pointとgeom_line) で使います。

id <- rep(seq(1, 10, 1), 4)
A <- c(rep('a1', 20), rep('a2', 20))
B <- rep(c(rep('b1', 10), rep('b2', 10)), 2)

a1b1 <- c(rnorm(10, mean=5, sd=5))
a1b2 <- c(rnorm(10, mean=15, sd=5))
a2b1 <- c(rnorm(10, mean=10, sd=5))
a2b2 <- c(rnorm(10, mean=-10, sd=5))

df <- data.frame(id, A, B, Value  = c(a1b1, a1b2, a2b1, a2b2))


#データの出力
df

平均と標準誤差を出す

今回使うデータの平均と標準誤差を出します。
このSummaryDataというデータは棒グラフ (geom_bar) で使います。

library(tidyverse)

SummaryData <- df %>% 
  group_by(A, B) %>%
  dplyr::summarise(mean_Value = mean(Value),
                   se_Value = sd(Value)/sqrt(n()))

#計算結果の出力
SummaryData 

グラフを描画

棒グラフとエラーバーではdata=SummaryData, 個別プロットではdata=dfという感じに描画に使用するデータを指定します。

gColor=c("darkorange", "yellow")

ggplot() + 
  geom_bar(data = SummaryData, aes(x = B, y = mean_Value, fill = B), position = position_dodge(), stat = "identity", alpha = .3, 
           color = "black", size = 0.7) +
  geom_line(data = df, aes(x = B, y = Value, color = B, group = id), stat = "identity", alpha = .3, color = "grey40") +
  geom_point(data = df, aes(x = B, y = Value, color = B, group = id), shape = 1, stat = "identity", alpha = .3, color = "grey10") +
  geom_errorbar(data = SummaryData, aes(x = B, y = mean_Value, ymax = mean_Value + se_Value, ymin = mean_Value - se_Value), 
                width = 0.3, position = position_dodge(0.9), stat = "identity", color = "black") +
  scale_fill_manual(values = gColor) +
  facet_wrap(~ A) +
  coord_cartesian(ylim = c(-60, 60))

  

終わりに

論文で報告する時は注釈に

「ラインプロットは個別値、エラーバーは標準誤差を表す」

を忘れずに。