【備忘録】棒グラフに個別データを重ねるやつ：geom_bar + geom_point + geom_line

はじめに

最近実験心理学系の論文で流行っている棒グラフに個別データを載せるやつ。
完成形はこんな感じ↓
作り方の流れはgeom_barで棒グラフ, geom_pointとgeom_lineで個人データを描きます。

目次

1. 下準備
2. 平均と標準偏差を出す
3. グラフを描画
4. グラフを保存
5. 終わりに

下準備

今回使うデータ。
このデータはgeom_pointとgeom_lineで使います。

id <- rep(seq(1, 10, 1), 4)
A <- rep(c(rep('a1', 10), rep('a2', 10)), 2)

a1 <- c(rnorm(10, mean=10, sd=5))
a2 <- c(rnorm(10, mean=25, sd=5))

original <- data.frame(id, A, Value  = c(a1, a2))


original

平均と標準偏差を出す

今回使うデータの平均と標準偏差を出します。
このデータはgeom_barで使います。

library(tidyverse)

SumData <- original %>% group_by(A) %>%
  dplyr::summarise(mean_Value = mean(Value), sd_Value = sd(Value))


SumData

グラフを描画

棒グラフはSumData、個別のプロットはoriginalから描画する。

Graph <- ggplot() +
  geom_bar(data = SumData, aes(x=A, y=mean_Value, fill = A), stat = "identity", alpha=0.7) +
  scale_fill_manual(values=c("gray60", "gray80")) +
  theme_classic() +
  geom_point(data = original, aes(x=A, y=Value, color = id), color="grey40")+
  geom_line(data = original, aes(x=A, y=Value, group = id), color="grey40") +
  geom_errorbar(data = SumData, aes(x=A, y=mean_Value, ymin=mean_Value-sd_Value, ymax=mean_Value+sd_Value), width=0.2) + 
  scale_y_continuous(breaks = c(0, 10, 20, 30, 40), limits = c(0, 40), expand = c( 0, 0) ) +
  ggtitle("title")+
  theme(text = element_text(size = 20))


plot(Graph)

グラフを保存

ggsave(file = "名前.png", plot = Graph)

終わりに

論文で報告する時は注釈に

「ラインプロットは個別値、エラーバーは標準偏差を表す」

を忘れずに。