このgithubのissueによると、Pretty Diffという外部ライブラリのバグだそうなので
https://github.com/Glavin001/atom-beautify/issues/1167
[preferences] -> [packageでatom-beautifyと検索] -> [atom-beautifyのSettings] -> [ERB] -> [Default Beautifier] -> で[HTML Beatifier]を選択
HTML BeautifierはRubyのgemなので
gem install htmlbeautifier
(rbenvを使っている時はatomの起動ディレクトリのrubyが使われるっぽい?)