音声の m4a ファイルを mp3 へ変換するのにネット検索で見つかる方法を使っていたら、Windows Media Player で警告が出て、その対処をした際のメモ書きです。
ちなみに自分は MacOSX Yosemite で作業してます。ffmpeg と mp4box は brew でインストールしました。

よくみる方法と問題

$ ffmpeg foo.m4a -acodec libmp3lame -f mp3 foo.mp3

このコマンドで生成した mp3 ファイルを Windows の Media Player で再生したところ「拡張子がmp3とは違うが、ファイルによっては再生出来るものもある」的な警告がでました。音声の再生自体は出来ます。(Windows10 では特に問題なかったので、Windows7,8 辺りまでの問題かも)
なお、MacOS の QuickTime では特に不都合がないです。

原因推測

(前提知識) 動画ファイルは Atom、(いまどきだと MP4コンテナ)¹と呼ばれるバイナリ形式で保存する事が多いです。これは様々なデータを含む事ができる汎用的な形式でコンテナと表現されます。

参考) https://developer.apple.com/library/mac/documentation/QuickTime/QTFF/QTFFChap2/qtff2.html

m4a はこの Atom コンテナで AAC 音声ストリームを格納します。

上記のコマンドだと m4a のAtomコンテナをそのまま引き継いで、Atomコンテナに包まれた mp3 ファイルが生成されます。

ffmpeg -i foo.mp3 でコンテナを確認

$ ffmpeg -i foo.mp3
＜略＞
Input #0, mp3, from 'foo.mp3':
  Metadata:
    major_brand     : M4A
    minor_version   : 0
    compatible_brands: M4A mp42isom

Windows Media Player は .mp3 の拡張子でファイルを受け取った際、RIFF コンテナに包まれた mp3 か、生の mp3 ストリームを期待していて、Atom コンテナだと都合が悪いようです。

多分正しい方法

track 1 に音声が入っていると仮定して (mp4box -info foo.m4a で調べられます)

$ mp4box -raw 1 foo.m4a # 生の AAC ストリームを抜き出す
$ ffmpeg -i foo_track1.aac foo.mp3

まず mp4box で音声の AAC ストリームだけ抜き出して、それを MP3 ストリームに変換します。

ffmpeg -i foo.mp3 でコンテナ(に入ってないの)を確認

$ ffmpeg -i foo.mp3
＜略＞
Input #0, mp3, from 'foo.mp3':
  Metadata:
    encoder         : Lavf56.25.101
  Duration: 00:02:47.63, start: 0.025057, bitrate: 64 kb/s
    Stream #0:0: Audio: mp3, 44100 Hz, mono, s16p, 64 kb/s

蛇足的なメモ

シェルでまとめて処理するなら (bash版)

for i in *.m4a ;
  do b=`basename $i .m4a` ;
  mp4box -raw 1 $i ; ffmpeg -i "$b"_track1.aac $b.mp3 ;
  done

最後に

~~ffmpeg だけでもオプションで頑張れば出来そうだけど、誰か方法知りませんか？~~

コメントを頂きました。オプションで対応できるようです(元々の問題を再現できなかったので未確認のまま)。こちらが参考になりそうです。

$ ffmpeg -i input.wav -write_xing 0 -id3v2_version 0 out.mp3

仕様としてはISOBMFF形式(ISO/IEC 14496-12)を参照の事。 ↩