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GalaxyDay 17

バイオインフォマティクス解析環境のGalaxy用のツール開発をしよう


この記事の概要


  • バイオインフォマティクス解析環境のGalaxy用のツール開発の記事です。

  • Galaxy用のツール開発用の情報が色々なところにあるので、まとめてみます。


ツール開発の資料を見よう

日本語の分かりやすい資料があります!


ツール開発支援ツールのplanemoをDockerで使おう

planemoにはGalaxyツール開発に必要なツールが一通り入っています。planemoのDocker環境上でツールを開発するのが一番楽です。


planemoのDocker環境を立ち上げる

ホスト側にツール開発用のディレクトリを作成し、このディレクトリ上から以下のコマンドでDockerを立ち上げる。

$ docker run --name planemo -p 9090:9090 -v `pwd`:/opt/galaxy/tools planemo/interactive

ホスト側のカレントディレクトリが、コンテナ内の/opt/galaxy/toolsにマウントされる。


コンテナ内に入って、planemo環境を呼び出す

$ docker exec -it planemo /bin/bash

$ source /home/ubuntu/planemo-virtualenv/bin/activate
$ cd /opt/galaxy/tools


ツール開発のチュートリアルを試す

Building Galaxy Tools Using Planemoのチュートリアルを試してみる。