この記事の概要
- バイオインフォマティクス解析環境のGalaxy用のツール開発の記事です。
- Galaxy用のツール開発用の情報が色々なところにあるので、まとめてみます。
ツール開発の資料を見よう
日本語の分かりやすい資料があります！
- 作ったツール, どうやってユーザに届ける？〜Galaxy, Docker, クラウドを活用する
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ツールをGalaxyに載せるセクションが参考になります。 - Galaxy の Planemo Virtual Applianceを利用する その1 - Qiita
- はじめよう ツール開発
ツール開発支援ツールのplanemoをDockerで使おう
planemoにはGalaxyツール開発に必要なツールが一通り入っています。planemoのDocker環境上でツールを開発するのが一番楽です。
planemoのDocker環境を立ち上げる
ホスト側にツール開発用のディレクトリを作成し、このディレクトリ上から以下のコマンドでDockerを立ち上げる。
$ docker run --name planemo -p 9090:9090 -v `pwd`:/opt/galaxy/tools planemo/interactive
ホスト側のカレントディレクトリが、コンテナ内の/opt/galaxy/toolsにマウントされる。
コンテナ内に入って、planemo環境を呼び出す
$ docker exec -it planemo /bin/bash
$ source /home/ubuntu/planemo-virtualenv/bin/activate
$ cd /opt/galaxy/tools
ツール開発のチュートリアルを試す
Building Galaxy Tools Using Planemoのチュートリアルを試してみる。