今回新たにアプリケーションを作ることとなった為、専用のフォルダを新規作成しましたが、何故かソース管理に大量の未ステージングの変更が入っていました。
少し見にくいかもしれませんが、新規で作ったばかりでまだGitHubのリポジトリにも連携していないにも関わらず、以下のキャプチャのように別のフォルダの変更が管理されていました。

#原因と対処
原因はかなり単純なもので、作成したフォルダの一つ上のディレクトリに.gitフォルダ（隠しフォルダ）が作成されていたことが原因でした。
.gitフォルダが格納されている所よりも下の全ての階層の変更が管理出来ている状態となっていたようです。
このフォルダを削除し、作ったフォルダのソース管理を更新すると、「ソース管理プロパイダが登録されていません。」と初期表示が無事表れました。

#.gitフォルダが作られてしまった理由
おそらくですが、以前別のリポジトリを作った際に、誤ってフォルダ全体を格納している所でgit initコマンドを打ってしまったからではないかと考えています。
調べた限り、他の原因が思い当たりませんでしたが、別の理由が判明次第、追記していきたいと思います。

#参考文献
・from44 VSCode のソース管理で変更が5000と表示されたときの対処法
https://from44.net/vscode-git-5k/