PHPでのAPIドキュメント作成ツール（RESTful APIとソースコードドキュメント生成）
restfulなAPIのドキュメントを残す必要があったので、記載しておきます。

npmのapidoc　http://apidocjs.com/

コメントにささっと書いてすぐ確認、バージョンの比較まで可能

インストール
npm install apidoc -g

プロジェクトルートにapidoc.jsonを用意して

{
  "name": "example",
  "version": "0.1.0",
  "description": "apiDoc basic example",
  "title": "Custom apiDoc browser title",
  "url" : "https://api.github.com/v1"
}

ドキュメント生成
apidoc -i path/to/dir -f ".*\\.php$" -o path/to/output/dir -t template/path/

デモ
http://apidocjs.com/example/

以下のような記述で生成可能

/**
 * @api {post} /user/:id ユーザー取得
 * @apiVersion 0.1.0
 * @apiName ユーザー取得
 * @apiGroup User
 *
 * @apiParam {Number} id ユーザーのユニークID.
 *
 * @apiSuccess {String} firstname 名前.
 * @apiSuccess {String} lastname  苗字.
 *
 * @apiSuccessExample Success-Response:
 *     HTTP/1.1 200 OK
 *     {
 *       "firstname": "John",
 *       "lastname": "Doe"
 *     }
 *
 * @apiError UserNotFound ユーザーが見つからないとき.
 *
 * @apiErrorExample Error-Response:
 *     HTTP/1.1 404 Not Found
 *     {
 *       "error": "UserNotFound"
 *     }
 */
function getUser(id) {
 // dummy
 return "ユーザー情報";
}

apigen http://www.apigen.org/

ソースコードドキュメントであればこちらを採用
見やすくシンプル Bootstrapのテーマも使用可能

wget http://apigen.org/apigen.phar
chmod +x apigen.phar
mv apigen.phar /usr/local/bin/apigen
apigen --version

# get help for generate command
apigen generate --help

fuelPHPの場合

bin/apidoc.sh

# 生成
apidoc -i fuel/app -f ".*\\.php$" -o public/apidoc/

その他

Apiary
ドキュメントの生成と同時にAPIのモックサーバを用意してくれるので、
さくっとテストしたい場合は便利。

参考

APIDOC Inline Documentation for RESTful web APIs
apigen Smart and Readable Documentation for your PHP project
Requires PHP 5.4+
node.jsのいろいろなモジュール31 – apiDocでRESTful APIドキュメントを生成する
PHPのドキュメンテーションツールはApiGenがいい感じなんじゃないか