各アミノ酸残基のCα炭素について揺らぎの根二乗平均偏差をとったRMSF分析がある。詳しいRMSFについては以下のサイトを参考にしてほしい。
https://www.r-ccs.riken.jp/r-ccssite/wp-content/uploads/2018/06/keisanseimeiIV__ikeguchi.1129.pdf

RMSF解析する前にアミノ酸残基のCα炭素を指定するため[ndxファイル]を作成する。

gmx make_ndx -f [groファイル] -o [ndxファイル]

次に、RMSF解析を行う。

 gmx rmsf -s [tprファイル] -f [trrファイル] -n CA.ndx -o [xvgファイル] -fit

これによりxvgファイルにrmsf情報が出力される。