初めに
bundle installをした際にgithubDesktopに新しいファイル生成10000ファイルのようにたくさんのファイルを生成したことはあるでしょうか。この問題に時間を使ってしまったので書き残します。
結論
bundle installをした際に大量にファイルが生成されるのは問題ではないです。正常な挙動です。本来、railsのgemのシステムは大量のファイルの上で成り立っておりそのファイルの数を普段見ることはないですがgitの管理下になっていることが問題と言えるでしょう。
原因
私は普段はgem fileにgemを追加した後にbundle installとターミナルに打つことでinstallをしているのですが、qiitaの記事を真似していてbundle install --path vendor/bundleと入力しました。この後に続く表記はbundle installしたファイルをどこに保存するのかということを指定しているもので本来は毎回このように打つことが正しいようです。ただしこのように打ったことでgithubの管理下に置かれてしまったらしく、省略してbundle installをしても大量のファイルがgithubDesktop上に表示されるようになりました。
解決
.bundleとvendor/を一度ディレクトリから消すことで解決できます。
もう一度bundle installをしたら元の挙動に戻ると思います。