2018年 追記
リンクから直接Slackアプリのchannelを開く方法 - Qiita
というより簡単な方法が追加されています。
2016年8月からSlackがURLスキームに対応しました。
slack://open
とすることで、Slackのアプリケーションを直接開けます。
しかし、各ユーザー、Channelへのリンクについては一工夫が必要です。
解説ドキュメントによれば、
例えばダイレクトメッセージの画面を開くには、
slack://user?team={TEAM_ID}&id={USER_ID}
と名前ではなく内部idを利用する必要があるためです。
このidはSlackのAPIを使わない限り取得は困難なため、
手順を解説します。
以下、ダイレクトメッセージの場合です。
1. テスト用API Tokenの取得
すでにSlackのAPI Tokenを取得していればこの手順は不要です。
SlackのAPIを実行できるよう、テスト用のtokenを取得します。
このページから生成できます。
このtokenはあくまでSlack APIのテスト向けのため、botなどの本番運用に使いまわすことは避けたほうがよいです。
2. APIでUSER_IDとTEAM_IDを取得
自分自身の場合
以下のURLから取得できます
https://slack.com/api/auth.test?token=your_token
ブラウザ上でSlackにログインしている場合は、
auth.test APIのテスト画面からも取得できます。
他人の場合
DM送受信済みの場合、yourteam/direct-messagesのDMアーカイブからidを取得することができます。
APIを利用するなら以下のURLから全ユーザーの情報を取得できます。そこから絞り込んでください。
https://slack.com/api/users.list?token=your_token
ブラウザ上でSlackにログインしている場合は、
users.list APIのテスト画面からも取得できます。
3. URL Schemeを組み立てる
slack://user?team={TEAM_ID}&id={USER_ID}
{}は実際のURLには不要です。念のため。
なお、ダイレクトメッセージ画面以外の画面を開いたり、検索結果を直接開いたりすることもできます。
解説ドキュメントと、API一覧をうまく利用してください。