ggplot2の基礎知識は岩嵜航氏のサイトへ

解析環境

OS: Windows 10
App: R Version 3.4.3

図にしたいデータ

#	Clusters	x.stage	y.stage	z.stage
1	black	91	190	127
2	green	163	564	258
3	turquoise	318	420	149
4	red	200	381	295

出典：
https://www.biostars.org/p/92218/

必要なlibraryは２つだけ

library(ggplot2)
library(reshape2)

Rにデータを読み込ませるよ

dat=read.table(header=T, text="Clusters x-stage y-stage    z-stage
+ black         91         190    127
+ green        163         564    258
+ turquoise    318         420    149
+ red          200         381     295")

データを整形して使いやすくする

dm=melt(dat,id.var=c("Clusters"))

Clusters variable value
1 black x.stage 91
2 green x.stage 163
3 turquoise x.stage 318
4 red x.stage 200
5 black y.stage 190
6 green y.stage 564
7 turquoise y.stage 420
8 red y.stage 381
9 black z.stage 127
10 green z.stage 258
11 turquoise z.stage 149
12 red z.stage 295

x軸にvariable、y軸にvalueの棒グラフ（Cluster分は統合）

p1 <- ggplot(dm, aes(variable, value, fill=variable)) + 
theme_bw() + geom_histogram(stat="identity")

x軸にvariable、y軸にvalue、Clustersの積み上げ棒グラフ

p1 <- ggplot(dm, aes(variable, value, fill=Clusters)) + 
theme_bw() + geom_bar(stat="identity")

x軸にvariable、y軸にvalue、Clustersを横並びにした棒グラフ

p1 <- ggplot(dm, aes(variable, value, fill=Clusters)) + theme_bw() + 
geom_bar(stat="identity", position = "dodge")

x軸にvariable, y軸にvalueを共通としたClusterごとの棒グラフ

参考
https://www.biostars.org/p/92218/

p1 <- ggplot(dm, aes(variable, value, fill=variable)) + theme_bw() +
  geom_histogram(stat="identity") + facet_grid(. ~ Clusters)

横にして数値を表記させる

参考

p1 <- ggplot(dm, aes(variable, value, fill=variable)) + theme_bw() + 
geom_histogram(stat="identity") + facet_grid(. ~ Clusters) + coord_flip() + 
geom_text(aes(variable, value, label = sprintf("%2.1f", value)),
position = position_dodge(width = 1))

y軸の並べ方を変更する

参考
https://stackoverflow.com/questions/34227967/reversed-order-after-coord-flip-in-r

p1 <- ggplot(dm, aes(variable, value, fill=variable)) + theme_bw() + 
geom_histogram(stat="identity") + facet_grid(. ~ Clusters) + coord_flip() + 
geom_text(aes(label = sprintf("%2.1f", value)),
position = position_dodge(width = 1)) + scale_x_discrete(limits = rev(levels(dm$variable)))

labelの位置を揃えて数値を見やすくする

p1 <- ggplot(dm, aes(variable, value, fill=variable)) + theme_bw() + 
geom_histogram(stat="identity") + 
facet_grid(. ~ Clusters) + 
coord_flip() + 
geom_text(aes(label = format(value, digits = 4), y = 0.7)) + 
scale_x_discrete(limits = rev(levels(dm$variable)))

※ 他のデータでは右端に揃うのにこのデータでは左端にめり込んでしまう