前回: OpenBabelをc++からいじってみるの続き。
インストールとかは前回を見てね。
今回はもう少し細かく機能を見てみる。
OBBondは以下のIs関数を持っている。
IsAromatic() //芳香族環の中のBondかどうか
IsInRing() //環の中のBondかどうか
IsRotor() //回転可能なBondかどうか
IsAmide() //アミド結合かどうか
IsPrimaryAmide() //
IsSecondaryAmide() //
IsTertiaryAmide() //
IsEster() //エステル結合かどうか
IsCarbonyl() //カルボニル基の二重結合かどうか
IsSingle() //単結合かどうか
IsDouble() //二重結合かどうか
IsTriple() //三重結合かどうか
IsKSingle() //ケクレ的に単結合かどうか(IsSingle + IsAromaticだと1になったりならなかったりする)
IsKDouble() //ケクレ的に二重結合かどうか(IsDouble + IsAromaticだと1になったりならなかったりする)
IsKTriple() //ケクレ的に三重結合かどうか(IsTripleと変わらなくね？)
IsClosure() //smilesで表現するときに切るべき場所かどうか（後述）
IsUp() // Cis/Trans関係（平面に横向きに置いた時にななめ上方向に伸びているか、かな？未チェック）
IsDown() // Cis/Trans関係（同様にななめ下方向？未チェック）
IsWedge() // 立体的に「手前に来る」結合かどうか
IsHash() // 立体的に「奥に行く」結合かどうか
IsWedgeOrHash() // IsWedge||IsHash
IsCisOrTrans() // CisかTransを構成するBondかどうか
IsDoubleBondGeometry() // return whether the geometry around this bond "looks" unsaturated
わかるものもあればわからないものもある。
IsDoubleBondGeometryの意味をちゃんと理解しようとしていないのは秘密
まあとりあえず試してみよう。
test.cc
# include <iostream>
# include <string>
# include <sstream>
# include <openbabel/mol.h>
# include <openbabel/obconversion.h>
int main(int argc, char** argv){
// input molecule using smiles
std::string smiles = "c1cc(C(=O)N(C)C)c2cc(C(=O)N)ccc2c1";
std::stringstream ss(smiles);
OpenBabel::OBConversion conv(&ss);
conv.SetInFormat("smi");
OpenBabel::OBMol mol;
conv.Read(&mol);
std::cout << "Atom information" << std::endl;
std::cout << "AtomIdx AtomType" << std::endl;
for(OpenBabel::OBAtomIterator ait = mol.BeginAtoms(); ait!=mol.EndAtoms(); ++\
ait){
std::cout << (*ait)->GetIdx()
<< " "
<< (*ait)->GetType()
<< std::endl;
}
std::cout << std::endl;
std::cout << "Bond information" << std::endl;
std::cout << "BeginAtomIdx EndAtomIdx" << std::endl;
for(OpenBabel::OBBondIterator bit = mol.BeginBonds(); bit!=mol.EndBonds(); ++\
bit){
std::cout << (*bit)->GetBeginAtomIdx() << " "
<< (*bit)->GetEndAtomIdx() << "\t"
<< (*bit)->IsAromatic() << " "
<< (*bit)->IsInRing() << " "
<< (*bit)->IsRotor() << " "
<< (*bit)->IsAmide() << " "
<< (*bit)->IsPrimaryAmide() << " "
<< (*bit)->IsSecondaryAmide() << " "
<< (*bit)->IsTertiaryAmide() << " "
<< (*bit)->IsEster() << " "
<< (*bit)->IsCarbonyl() << " "
<< (*bit)->IsSingle() << " "
<< (*bit)->IsDouble() << " "
<< (*bit)->IsTriple() << " "
<< (*bit)->IsKSingle() << " "
<< (*bit)->IsKDouble() << " "
<< (*bit)->IsKTriple() << " "
<< (*bit)->IsClosure() << " "
<< (*bit)->IsDoubleBondGeometry() << " "
<< std::endl;
}
return 0;
}
入力はこれ。
で、結果はこれ。
Atom information
AtomIdx AtomType
1 Car
2 Car
3 Car
4 C2
5 O2
6 Nam
7 C3
8 C3
9 Car
10 Car
11 Car
12 C2
13 O2
14 Nam
15 Car
16 Car
17 Car
18 Car
Bond information
BeginAtomIdx EndAtomIdx
1 2 1 1 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 1 0 0 1
2 3 1 1 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 1 0 0 0 1
3 4 0 0 1 0 0 0 0 0 0 1 0 0 1 0 0 0 1
4 5 0 0 0 0 0 0 0 0 1 0 1 0 0 1 0 0 1
4 6 0 0 1 1 0 0 1 0 0 1 0 0 1 0 0 0 1
6 7 0 0 0 0 0 0 0 0 0 1 0 0 1 0 0 0 1
6 8 0 0 0 0 0 0 0 0 0 1 0 0 1 0 0 0 1
3 9 1 1 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 1 0 1 1
9 10 1 1 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 1 0 0 0 1
10 11 1 1 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 1 0 1 1
11 12 0 0 1 0 0 0 0 0 0 1 0 0 1 0 0 0 1
12 13 0 0 0 0 0 0 0 0 1 0 1 0 0 1 0 0 1
12 14 0 0 0 1 1 0 0 0 0 1 0 0 1 0 0 0 1
11 15 1 1 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 1 0 0 0 1
15 16 1 1 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 1 0 0 1
16 17 1 1 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 1 0 0 0 1
9 17 1 1 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 1 0 0 0 1
17 18 1 1 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 1 0 0 1
1 18 1 1 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 1 0 0 0 1
この結果について少し考察
- 4-6のIsRotor()=1 ... 三級アミドの場合二重結合性持たないんだっけ・・・？
- 6-7, 6-8のIsRotor()=0 ... これはどうやら回転させても意味がない、ということらしい。
- Single,Double,Triple,Aromaticは計算など用、KSingle,KDouble,KTripleは描画用、といった所だろうか。
- 3-9, 10-11でIsClosure()=1 ... ようするに環を閉じている場所を判定しているっぽい。Smilesを出力するときに必要な情報なのかな。
- IsDoubleBondGeometry()=1 ... 謎。
個人的にはIsRotorが提供されるのがとてもありがたい。