OpenBabelをc++からいじってみる

OpenBabelのC++ APIについての日本語資料が少なくね？ということでちょっと書く。
（本当はMoldbのHeliumを使おうとしていたがかなりあたらしい環境が必要で挫折した）

今回のお品書きは以下の2つ。

1. インストール
2. 走らせてみる

#インストール（Root権限を持っていないことを仮定）
とっても簡単。root権限がなくても簡単。
http://openbabel.org/docs/dev/Installation/install.html
基本的にはこちら参照。

wgetなどでtar.gzファイルを持ってきて、

$ tar -xvf openbabel-2.3.1.tar.gz
$ mkdir build 
$ cd build

する。
次にcmakeをするのだが、~/Tools/openbabelにインストールしたければ

$ cmake ../openbabel-2.3.1 -DCMAKE_INSTALL_PREFIX=~/Tools/openbabel
$ make 
$ make install

としてやればOK。
ここまでに関しては、依存関係で問題になることもあるのでそちらの方が大変だと思う。

あとはpathを通すことを忘れずに。
.bashrcかなにかに

export LD_LIBRARY_PATH=~/Tools/openbabel/lib:$LD_LIBRARY_PATH

を入れておこう。

#走らせてみる（コンパイルの仕方とか）
今回使うコードは以下の通り。

test.cc

#include <iostream>
#include <string>
#include <sstream>

#include <openbabel/mol.h>
#include <openbabel/obconversion.h>

int main(int argc, char** argv){

  // smilesからOBMolを生成
  std::string smiles = "c1ccc2ccccc2c1";
  std::stringstream ss(smiles);
  OpenBabel::OBConversion conv(&ss);
  conv.SetInFormat("smi");
  OpenBabel::OBMol mol;
  conv.Read(&mol);

  // OBMolのAtomsを出力
  std::cout << "Atom information" << std::endl;
  std::cout << "AtomId AtomIdx" << std::endl;
  for(OpenBabel::OBAtomIterator ait = mol.BeginAtoms(); ait!=mol.EndAtoms(); ++ait){
    std::cout << (*ait)->GetId()
              << " "
              << (*ait)->GetIdx()
              << std::endl;
  }
  std::cout << std::endl;


  // OBMolのBondsを出力
  std::cout << "Bond information" << std::endl;
  std::cout << "BeginAtomIdx EndAtomIdx" << std::endl;
  for(OpenBabel::OBBondIterator bit = mol.BeginBonds(); bit!=mol.EndBonds(); ++bit){
    std::cout << (*bit)->GetBeginAtomIdx()
              << " "
              <<(*bit)->GetEndAtomIdx()
              << std::endl;
  }
  return 0;
}

これをコンパイルする。（意図的に2段階に分けてコンパイルしている）

$ g++ -O2 -I~/Tools/openbabel/include/openbabel-2.0 -o test.o -c test.cc
$ g++ -O2 -o test test.o -L~/Tools/openbabel/lib -lopenbabel

これで実行すると以下のような出力が得られる。

$ ./test
Atom information
AtomId AtomIdx
0 1
1 2
2 3
3 4
4 5
5 6
6 7
7 8
8 9
9 10

Bond information
BeginAtomIdx EndAtomIdx
1 2
2 3
3 4
4 5
5 6
6 7
7 8
8 9
4 9
9 10
1 10

実行できた。