urjtagなどでFTDIモジュールを使う場合devdが勝手にロードするkoが邪魔になります。FTDIのモジュールは通常はシリアルインターフェースとして機能しますが、urjtagなどではMPSSEやBitBangでのアクセスになり、これらは同時には使えないためです。このためdevdに死んでもらう必要があります。
% sudo killall -9 devd
本来このような手荒な事はするべきではありません。しかしながら、uftdi.koをkldunloadしても、またdevdがloadしてしまうのでしかたありません。明示的にunloadしてるものを再びloadする仕様はおかしいです。MacOS Xのkextはunloadしたらloadされることはありません。
この問題を回避する方法として、デバイスのUSB情報を書き換えるやり方もあります。これはWindows上のアプリのFT_Progを使って書き換えます。
こちらに書きましたがVIDを変更してしまうと、次からFT_Progが使えなくなるので、あまりお勧めしません。
秋月電子のFT2232Dモジュールを利用しているのですが、FT2232DではEPROMは外付けで、秋月電子のモジュールには実装されていません。自分が使っているモジュールにはマルツで購入したSOP 8PinのEEPROMを実装してあります。EEPROMはFT_Progでも認識できて、プログラムもできるのですが、USB接続時の情報はデフォルトのものが使われてしまいます。いろいろ試したところ、なんらかの理由でEEPROMの値のチェックサムが壊れてしまったのが原因でした。一度FreeBSDで消してFT_Progで書き込みをしたところ問題なくなました。