ntpdを起動するときにはntpdateが正常に処理できた後に起動する必要があります。停電の復旧などでネットワークの準備が出来てない場合などを考慮して、スクリプトで実行する場合、下記のようにします。
#!/bin/sh
while :
do
ntpdate ntp.nict.jp
if [ $? == 0 ]; then
break
fi
sleep 30
done
ntpd -p /var/run/ntpd.pid