PHPで書き出したファイル内でPHPを実行する方法

PHPでファイル生成をする方法、書きだしたファイル内でPHPを実行する方法について質問です。

↓こちらのページを参考にして、データベースにデータ登録があった時に、入力されたデータを元にPHPファイルを書き出すことはできました。
http://webtech.seesaa.net/article/94979061.html

ob_start();
//書き込むHTMLソースここから
中略
//書き込むHTMLソースここまで
$output = ob_get_contents();

やりたいことのイメージは、
1.データベースにデータが登録される
2.INSERTすると同時に、その内容を元に出力したPHPファイルを生成
3.生成されたファイル内の一部でPHPを実行（リアルタイムでページビューをカウントしてDBへ格納し、ページビューを表示）

現在のやり方だと、書き込むソースHTML内のPHPコードが全て実行されて出力されるので、PHPを埋め込む方法が思いつきません。

javascriptでPHPを呼び出す方法で、ページビューは取得＆表示できましたが、根本的解決に至っていないので、ファイルを生成する別の方法など、アイデアかヒントを頂けると有難いです。
http://ysklog.net/javascript/1870.html

手探りで勉強しているもので、見当違いなことを書いているかも知れませんが、どうぞよろしくお願いします。