TL;DR

cd (modified content)なディレクトリ
git checkout -- .

毎回忘れているので自分用のメモとして。

例

$git status
       :
	modified:   lib/ugfx (modified content)

対処

$cd lib/ugfx 
$git status で再度確認→ファイルごとの変更が出る
$git diff →ファイルごとの差分が出る
$git checkout — .
$git status でもう一度確認→変更なしになるはず
$cd ../..
$git status → (modified content) が消えているはず

参考

【Git】reset hardしても差分(modified content)が直らない場合 – GeekBox by ゆばたす