1時間で in houseにChEMBL検索環境を構築する

dumpファイルのダウンロード

chembl_21_postgresql.tar.gzをダウンロードして、
vagrantの実行フォルダにおいておく。
(1.1GBあるので、結構時間かかる。)

vagrantの立ち上げ

vagrant init trusty
vagrant up
vagrant ssh

Ubuntuの設定

• proxy環境下は下記を実行(user,password,proxy,portは自分の環境に読み変える)

sudo  apt-get -o Acquire::http::proxy="http://<user>:<password>@<proxy>:<port>" update
echo 'export http_proxy=http://<proxy>:<port>' >>~/.bashrc
echo 'export https_proxy=https://<proxy>:<port>' >>~/.bashrc
echo 'export ftp_proxy=ftp://<proxy>:<port>' >>~/.bashrc
source ~/.bashrc

PostgreSQLのインストール

sudo -E apt-get install -y postgresql
sudo passwd postgres
# ユーザ名 postgresのパスワードを設定する
su - postgres
psql

PostgreSQLにdumpファイルを突っ込む

psqlで入れる先のDBを作る

create database chembl_21;
\q

dumpをimportする

cd /vagrant/
tar zxvf chembl_21_postgresql.tar.gz
cd chembl_21_postgresql/
psql chembl_21 < chembl_21.pgdump.sql

作業時間
- vagrantの初期化からimport開始まで7分
- importに1時間弱
- total 1時間あれば構築可能

参考URL

OSXにChEMBLを入れる

検索

• 検索クエリのsqlファイルを同じフォルダに保存して下記コマンド

psql chembl_21 -f test.sql -A -F, > chembl_21_rslt.csv

• pychembldbを使えばもっと捗ります

pychembldbを使うための手順