GeoPandasのインストールが環境によって、うまくいかないという報告をよく受けるため、基本的なインストールで気をつけることを共有します。
インストール環境
virtualenvなどを用いて、まっさらな環境がおすすめ。別のパッケージで古いバージョンのパスを通していると2次災害が起きることがよくあるため。
インストール手順
GeoPandas=0.5.0（2019年5月時点で最新）の場合には、Githubの本家から直接インストールすることをおすすめします。PyPIに登録されているversionはoveralayの関数の修正が反映されていないようですが、github上では修正後版がmasterブランチにマージされているようです。
pip install pandas fiona shapely pyproj rtree descartes
pip install git+git://github.com/geopandas/geopandas.git
手っ取り早く使いたいときは...
GoogleDriveにパスを通すことが億劫でさえなければ、GoogleColaboratryを使うと簡単です。参考までにコード を共有します。
GeoPandasは使い勝手が不安定であることがもったいないです。Pandasとの互換性があり、とても便利ですので、普及を応援したいです。