MDTrajによるトラジェクトリの解析

はじめに

分子動力学シミュレーションのトラジェクトリの解析プログラムも、Pythonで作成できる時代になって来たのかもしれない。2018年現在は、MDTraj, MDAnalysisあたりのライブラリが候補かと思う。ここではMDTrajの使い方を述べていく。
http://mdtraj.org/1.9.0/

インストール方法

以下、CentOS 7.2での設定記録である。
pyenvのインストール
https://qiita.com/iamdaisuke/items/3671032a18f5c4bf37d1

git clone https://github.com/yyuu/pyenv.git ~/.pyenv
echo 'export PYENV_ROOT="$HOME/.pyenv"' >> ~/.bashrc
echo 'export PATH="$PYENV_ROOT/bin:$PATH"' >> ~/.bashrc
echo 'eval "$(pyenv init -)"' >> ~/.bashrc
source ~/.bashrc

anacondaのインストール
https://qiita.com/y__sama/items/5b62d31cb7e6ed50f02c

pyenv install anaconda3-4.4.0
pyenv rehash
pyenv global anaconda3-4.4.0
echo 'export PATH="$PYENV_ROOT/versions/anaconda3-4.4.0/bin/:$PATH"' >> ~/.bashrc
conda update conda 

MDTrajのインストール
http://mdtraj.org/latest/installation.html

conda install -c omnia mdtraj

MDTrajの例

色々なことはできるがまずはフォーマットの変換について述べる。
xyzフォーマットの座標とpdbフォーマットのトポロジデータが用意されていて、gro形式にしたい時は以下の様にする。

import mdtraj as md
traj = md.load_xyz('test.xyz', top='test.pdb')
traj.save_gro('out.gro')