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色んなことできるらしいが、今回はDeploy後、サーバーで設定した環境変数を使いたいです。
書き方は簡単です。下記のように書き換えれば終わります。

spring.datasource.url=jdbc:mysql://localhost:3306/test
↓
spring.datasource.url=jdbc:mysql://${RDS_DB_HOST}:${RDS_DB_PORT}/${RDS_DB_NAME}

Eclipseから実行時は、VM argumentsかPrograme argumentsどっちでも大丈夫みたいです。

VM_arguments

-DRDS_DB_HOST=localhost
-DRDS_DB_PORT=3306
-DRDS_DB_NAME=test

Programe_arguments

--RDS_DB_HOST=localhost
--RDS_DB_PORT=3306
--RDS_DB_NAME=test