rsyncの話はよく見るけどdiffの話はあんまり見ない気がする（気がするだけかも）
rsync
dry runすれば差があるファイル一覧を出力できるので便利
rsync -avzon {接続先:リモートパス} {ローカルパス}
タイムスタンプとファイルサイズでの比較になるので、チェックサム使いたいとか、その他諸々のオプションについては、rsyncオプション を参照
diff
特定のファイルの中身同士の差分を出力したい場合はdiffコマンドを使うといい。
書き方は色々あるけど
ssh hoge@12.345.678.90 cat /path/to/hogefile | diff /path/to/hogefile -
など
所感
ファイル転送する前に差分の内容確認したいし、rsyncにも中身のdiff表示されるオプションあればいいのにな〜って思ったりするけど転送用のコマンドなのでまぁ使い分けの範疇ってことですかね。