要約
- Anaconda公式の方法では,R 3.6.1しかインストールできない模様.
- 理由としては,ダウンロード元の更新が2020年4月で停止(※2021年8月時点)していたから.
- 最新のR(記事作成時は4.1.0)をconda環境で使う場合は,r channelではなくconda-forge channelからインストールすることで解決.
環境
- Windows 10 Home 21H1
- python 3.7.9 (condaの
base環境でのversion) - conda 4.9.2
背景
- 普段はPythonでのデータ解析やモデル作成を行っているが,Rを使用せざるを得ない状況に(PypeRというPythonとRを連携するlibraryもあるが、更新が長らくされていないので不安だったのもある).
- Rstudioを使うのもよいが,できれば私が普段使っているツール(Jupyter notebook)で解析を行いたい&環境を汚したくなかったのでAnacondaにRをインストールすることに.
- Anacondaの公式ドキュメントに従ってRの仮想環境を立てたが,私が使いたいlibraryが対応していない様子だった.
公式の方法を実行した場合
Anaconda公式で案内されているのは下記の通り.
Creating an environment with R
- Download and install Anaconda.
- Create a new conda environment with all the r-essentials conda packages built from CRAN:
conda create -n r_env r-essentials r-base- Activate the environment:
conda activate r_env- List the packages in the environment:
conda list
上記1-4.をAnaconda promptで実行すると、下記のパッケージがインストールされたr_envというcondaの仮想環境が作成される。なお、全てのパッケージはr channelからダウンロードされている模様.
package | build
---------------------------|-----------------
_r-mutex-1.0.0 | anacondar_1 3 KB
(中略)
r-base-3.6.1 | hf18239d_1 55.3 MB
(中略)
zipp-3.5.0 | pyhd3eb1b0_0 13 KB
------------------------------------------------------------
Total: 190.8 MB
上記の通り,Rのバージョンを規定すると思われるr-baseが3.6.1だった.
(自分が必要だったのは3.6.2以上という皮肉...)
もちろんconda updateなども試したものの,元々そのchannelの最新のパッケージをインストールしているのでうまくいかなかった.
解決策
r channel以外にRを置いていないか確認してみると,conda-forge channelに比較的新しいr-base(conda-forgeにあったのは4.1.0,最新は4.1.1だった)の存在を見つけた.
従って,下記の手順で自作のR環境をcondaで作成した.
- Anaconda promptで
conda create -n renvを実行して仮想環境(以下記事中ではrenvで記載,環境名は各自自由に)を作成 -
base環境でconda install r-base -n renv -c conda-forgeを実行し作成したrenvにr-base 4.1.0をインストール
基本はここまででOK.
私はJupyter notebookでRを使いたかったので,こちらの記事を参考にして、
conda install jupyter -n renv -c conda-forgeconda install r-irkernel -n renv -c conda-forge
を実行して、Jupyter notebookでRを使えるようにした.
(jupyterをインストールする際,Python自体や周辺の最低限Pythonを動かすのに必要なlibraryもインストールされるが,同じ環境でデータ分析や学習モデルを作成したい場合はnumpy, pandas, sklearnなどがインストールされないので注意されたし)