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Anaconda環境で最新のRを使う(Windows)

Last updated at Posted at 2021-08-10

要約

  • Anaconda公式の方法では,R 3.6.1しかインストールできない模様.
  • 理由としては,ダウンロード元の更新が2020年4月で停止(※2021年8月時点)していたから.
  • 最新のR(記事作成時は4.1.0)をconda環境で使う場合は,r channelではなくconda-forge channelからインストールすることで解決.

環境

  • Windows 10 Home 21H1
  • python 3.7.9 (condaのbase環境でのversion)
  • conda 4.9.2

背景

  • 普段はPythonでのデータ解析やモデル作成を行っているが,Rを使用せざるを得ない状況に(PypeRというPythonとRを連携するlibraryもあるが、更新が長らくされていないので不安だったのもある).
  • Rstudioを使うのもよいが,できれば私が普段使っているツール(Jupyter notebook)で解析を行いたい&環境を汚したくなかったのでAnacondaにRをインストールすることに.
  • Anacondaの公式ドキュメントに従ってRの仮想環境を立てたが,私が使いたいlibraryが対応していない様子だった.

公式の方法を実行した場合

Anaconda公式で案内されているのは下記の通り.

Creating an environment with R
1. Download and install Anaconda.
2. Create a new conda environment with all the r-essentials conda packages built from CRAN:
conda create -n r_env r-essentials r-base
3. Activate the environment:
conda activate r_env
4. List the packages in the environment:
conda list

上記1-4.をAnaconda promptで実行すると、下記のパッケージがインストールされたr_envというcondaの仮想環境が作成される。なお、全てのパッケージはr channelからダウンロードされている模様.

    package                    |            build
    ---------------------------|-----------------
    _r-mutex-1.0.0             |      anacondar_1           3 KB
                            (中略)
    r-base-3.6.1               |       hf18239d_1        55.3 MB
                            (中略)
    zipp-3.5.0                 |     pyhd3eb1b0_0          13 KB
    ------------------------------------------------------------
                                           Total:       190.8 MB

上記の通り,Rのバージョンを規定すると思われるr-base3.6.1だった.
(自分が必要だったのは3.6.2以上という皮肉...)
もちろんconda updateなども試したものの,元々そのchannelの最新のパッケージをインストールしているのでうまくいかなかった.

解決策

r channel以外にRを置いていないか確認してみると,conda-forge channelに比較的新しいr-base(conda-forgeにあったのは4.1.0最新は4.1.1だった)の存在を見つけた.

従って,下記の手順で自作のR環境をcondaで作成した.

  1. Anaconda promptでconda create -n renvを実行して仮想環境(以下記事中ではrenvで記載,環境名は各自自由に)を作成
  2. base環境でconda install r-base -n renv -c conda-forgeを実行し作成したrenvr-base 4.1.0をインストール

基本はここまででOK.
私はJupyter notebookでRを使いたかったので,こちらの記事を参考にして、

  1. conda install jupyter -n renv -c conda-forge
  2. conda install r-irkernel -n renv -c conda-forge

を実行して、Jupyter notebookでRを使えるようにした.
jupyterをインストールする際,Python自体や周辺の最低限Pythonを動かすのに必要なlibraryもインストールされるが,同じ環境でデータ分析や学習モデルを作成したい場合はnumpy, pandas, sklearnなどがインストールされないので注意されたし)

参考

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