Ubuntuにデフォルトで入っているvimではclipboardを有効にすることは出来ないと思います
※vim --version|grep clipboardで確認可能
※+clipboardになっていなくてはならない
そこでclipboard機能を持つGUI付きのvimをインストールし、
※GUI付きのvim：vim-gtk, vim-gnome, vim-athena
設定ファイル.vimrc（vimrc）にて以下を追記します。
set clipboard=autoselect, unnamedplus
↑
上記はネットに載ってる一般的な方法だと思います。
ただこれだと上手く動きませんでした。
ただ
ノーマルなVimでファイルを開く（vim -u NONE -N [file]）と上手く動いたので、
設定で何か干渉があるんだろうと思って見たらありました
↓
set mouse=a
これはvimにてマウスを有効にする記述でモードaとはネットによく載ってるものです。
http://kaworu.jpn.org/vim/vim%E3%81%A7%E3%83%9E%E3%82%A6%E3%82%B9%E3%82%92%E6%9C%89%E5%8A%B9%E3%81%AB%E3%81%99%E3%82%8B%E6%96%B9%E6%B3%95
あまり理解せずに設定していましたが、
モードをa→v（ビジュアルモード）に変更するとclipboardを有効にすることが出来ました。