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これだけ! JupyterLab セットアップ手順

Last updated at Posted at 2020-01-04

Anaconda の導入

まずは、Anaconda を導入。これは、Python環境を導入するためのディストリビューションであり、Python + 関連パッケージを自動でインストールしてくれる。この中に、JupyterLab も含まれる。

各OS ごとに用意されたインストーラを利用するのが一番楽なので、それを利用する。

ダウンロード

https://www.anaconda.com/distribution/ からダウンロード

インストール確認

以下のディレクトリが存在することを確認。

/opt/anaconda3/

(base) の表示について

anaconda 導入後、ターミナル上で以下の様に(base) と先頭に表示される様になってしまった。

(base) $

これはAnadonda 導入時に適用されるconda 環境であるbase が適用されているという意味。毎回表示されるだけで害はないが、以下で無効化することができる。

(base) $ conda deactive
# (base) 表記が消え、Python2系しか使えなくなる
$ 

$ conda activate
# 再度(base)表記が追加され、Python3系が使える様になる
(base) $

JupyterLab

起動

上記Anaconda のインストール確認が完了したら、以下のコマンドを実行。

$ jupyter lab

実行すると、ブラウザが立ち上がりJupyterLab が表示される。

使ってみる

ショートカットについては、以下を参照。
JupyerLab ショートカットメモ(Mac用)

.ipynb_checkpoints

こちらのディレクトリは、JupyterLab にて .ipynb ファイルを利用する際に自動生成される管理ファイルなので、.gitignore に追加推奨。

トラブルシューティング

以下は、JupyterLab で起きたエラー解消録を残しておく。

Error Staring Kernel

いつも通り $jupyter lab でJupyterLab を立ち上げた際に、以下の画面が表示された。
スクリーンショット 2020-02-16 14.55.38.png
普段表示されない画面だが、とりあえず Python3 を選択。
すると、以下のエラーが表示されてしまった。
スクリーンショット 2020-02-16 14.55.46.png
OK押下後、JupyterLab 場ではNo Kernelの表示がされ、各種Runが実行できない状態に。。。
スクリーンショット 2020-02-16 14.56.17.png
エラー内容は以下。

Error Starting Kernel
Traceback (most recent call last):
  File "/opt/anaconda3/lib/python3.7/site-packages/tornado/web.py", line 1699, in _execute
    result = await result
  File "/opt/anaconda3/lib/python3.7/site-packages/tornado/gen.py", line 742, in run
    yielded = self.gen.throw(*exc_info)  # type: ignore
  File "/opt/anaconda3/lib/python3.7/site-packages/notebook/services/sessions/handlers.py", line 72, in post
    type=mtype))
  File "/opt/anaconda3/lib/python3.7/site-packages/tornado/gen.py", line 735, in run
    value = future.result()
  File "/opt/anaconda3/lib/python3.7/site-packages/tornado/gen.py", line 742, in run
    yielded = self.gen.throw(*exc_info)  # type: ignore
  File "/opt/anaconda3/lib/python3.7/site-packages/notebook/services/sessions/sessionmanager.py", line 88, in create_session
    kernel_id = yield self.start_kernel_for_session(session_id, path, name, type, kernel_name)
  File "/opt/anaconda3/lib/python3.7/site-packages/tornado/gen.py", line 735, in run
    value = future.result()
  File "/opt/anaconda3/lib/python3.7/site-packages/tornado/gen.py", line 742, in run
    yielded = self.gen.throw(*exc_info)  # type: ignore
  File "/opt/anaconda3/lib/python3.7/site-packages/notebook/services/sessions/sessionmanager.py", line 101, in start_kernel_for_session
    self.kernel_manager.start_kernel(path=kernel_path, kernel_name=kernel_name)
  File "/opt/anaconda3/lib/python3.7/site-packages/tornado/gen.py", line 735, in run
    value = future.result()
  File "/opt/anaconda3/lib/python3.7/site-packages/tornado/gen.py", line 209, in wrapper
    yielded = next(result)
  File "/opt/anaconda3/lib/python3.7/site-packages/notebook/services/kernels/kernelmanager.py", line 168, in start_kernel
    super(MappingKernelManager, self).start_kernel(**kwargs)
  File "/opt/anaconda3/lib/python3.7/site-packages/jupyter_client/multikernelmanager.py", line 110, in start_kernel
    km.start_kernel(**kwargs)
  File "/opt/anaconda3/lib/python3.7/site-packages/jupyter_client/manager.py", line 259, in start_kernel
    **kw)
  File "/opt/anaconda3/lib/python3.7/site-packages/jupyter_client/manager.py", line 204, in _launch_kernel
    return launch_kernel(kernel_cmd, **kw)
  File "/opt/anaconda3/lib/python3.7/site-packages/jupyter_client/launcher.py", line 138, in launch_kernel
    proc = Popen(cmd, **kwargs)
  File "/opt/anaconda3/lib/python3.7/subprocess.py", line 775, in __init__
    restore_signals, start_new_session)
  File "/opt/anaconda3/lib/python3.7/subprocess.py", line 1522, in _execute_child
    raise child_exception_type(errno_num, err_msg, err_filename)
FileNotFoundError: [Errno 2] No such file or directory: '/opt/anaconda3/bin/pyt

この中で、FileNotFoundError: [Errno 2] No such file or directory: '/opt/anaconda3/bin/python': '/opt/anaconda3/bin/python' に着目。
確認してみると、確かに /opt/anaconda3/bin/python は存在していなかった。代わりに/opt/anaconda3/bin/python3.7は存在しているので、pytnonをこのpython3.7に向けることで解消した。
具体的には、以下でシンボリックリンクを作成。

$ ln -s /opt/anaconda3/bin/python3.7 /opt/anaconda3/bin/python

どのタイミングでこれが起きるようになったかは不明だが、一旦これでJupyterLab を再起動することで、エラーは解消された。

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