はじめに
当記事は、eeglabの手順について、Online EEGLAB Workshop を参考に、メモ書きをしたものである
今回は、データを読み込み、処理をするまでに適切なデータを除去したり加工したりするあたりをまとめている
eeglab 手順
大まかな流れはこんな感じ
Champter 1 データをimport
データをインポートする。
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File > Load existing dataset から、パスに指定してあるディレクトリ下のdatasetを指定する。
Champter 2 イベントとチャンネルロケーションの設定
datasetに含まれるイベントのインポートと、チャンネルのロケーションを設定する。
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File > Import event info > From data channel から、イベントをインポートする。
Event channleに関しては、メインwindowにある、 channels per frame を超えてはならない。
Edit > Channel locations から、channel のロケーションを設定する。
設定したchannelのロケーションは、windowの Plot-2D を押して確認できる
上記設定が完了していれば、メインwindowのchannle location カラムが Yes になっているはず
Chapter 3 Referencing and resampling
- Chapter1でとってきたデータが、Chapter2で設定したチャンネルのどこに対応するかを設定する。(defaultのものでok)
- 時間とdisk space を減らすため、データをリサンプリングする
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Tools > Re-reference から、re-referenceするためのwindowを開く。
Re-reference data to channel のチェックボックスをチェックし、 RMAS LMAS を指定。
既存のdataset とre-reference したdatasetは、 Datasets から確認できる。一方を選択すると、windowsの Reference カラムが変更される。
次に、データをリサンプリングしていく。
Tools > Change sampling rate から、samling rate を変える。
Chapter 4 Filtering
遅くて大きい振幅を取り除くため、フィルタリングをする。
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Tools> Remove baselineを押下し、右のウィンドウから、overwriteをonにする。
Tools > Filter the data > Basic FIR filter から、フィルタリングをする。
押下して出てきたウィンドウの一番上のカラムは、 必要とされるHigh-pass 周波数を示しており、値を入力する。
Plots > Channel properties で、Chanel Index to plot を 31 に変更し、okを押すと、
右上のような図が出てくる。
これは、現在0.5Hz High-PassでFilteringしたときの図であるが、加えてLaw-passを設定したり、Cleanline(EEGLABで提供されているplugin)を適用した場合で、spectrumの図が変化していく。
Chapter 5 Visualizing data
タイトル通り、データの見方を説明していく
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Plot > Channel data(scroll から右図のようなデータが見れる
Chapter 6 Removing bad channels
不必要なデータを取り除いていく。
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Edit > Select data -> channel change のチェックボックスから、除去したいチャネルを選択できる。
除去したいチャネルを見極める方法として、いくつかの方法がある。
1.
Plot > channel spectra and maps で右図のように波形が確認ができ、波形の一部を選択すると該当するチャネル番号が取得できる。
Plot > Channel properties からも、右図のようにチャネルのactivityを見て、除去したいチャネルを取得できる。
Tools > Automatic rejection channel を選択すると、自動で除去すべきチャネルが表示される
Chapter 7 remove bad data segments
いらないデータのセグメントを除去できる。
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Plot > channel data(scroll) でデータの脳波が得られる。
任意の範囲の場所を選択すれば、その範囲のデータをrejectできる。
Settings > Time range to display を選択し、New window length を 30に変更すれば、見やすくなる。
Tools > Reject data using Clean Rawdata and ASR で任意に設定をすると、
上記の手動でやっていたデータの除去を自動でやってくれる。
除去されたデータは、plotされた図の中では、 boundary という形で表されている
その他
次回は、ICAを使ってデータを解析するところのメモをしていく予定。