/java/hello/Main.java
/java/hello/Hello.java

こういうディレクトリ構造でMain.javaからHello.javaにあるクラスをnewしようとした場合どうやってもコンパイルが通らずわからなかったが親フォルダのjavaフォルダからjavacするとコンパイルが通った。理屈がわからない-verboseで調べても[ソース・ファイルの検索パス: .]と出てくるので余計に混乱した。このディレクトリ構造の場合は以下でできました。ソースコードが間違ってなかったのでこの程度の事に気がつくのに半日かかりました。

コメント欄を見ていただいてもいいですがclassファイルがないことが原因だったようです。
その為、Hello.javaを先にjavacすると実行できます。

一応これでも通ったのでこれも載せときます。
javac hello/Main.java