Minicondaの環境設定と大気海洋の解析で便利なライブラリ

概要

minicondaのインストール方法と大気海洋の解析に必要なライブラリのインストール方法について説明する。

環境

• OS: Ubuntu 22.04 LTS (Windows11 WSL2)

Minicondaのインストール

1. (ipython, jupyter notebookを使用する場合) 必要なパッケージをインストール（これをしないとインストール後、sqlite3ライブラリの呼び出しでエラーとなった）。次の記事を参考にした。

   $ sudo apt update
   $ sudo apt install libsqlite3-dev libbz2-dev libncurses5-dev libgdbm-dev liblzma-dev libssl-dev tcl-dev tk-dev libreadline-dev
   

   　

2. 適当なディレクトリにMinicondaのインストール用シェルのダウンロード。2025/3/28時点の最新版は39.1.1-2

   $ mkdir hoge
   $ cd hoge 
   $ wget https://repo.anaconda.com/miniconda/Miniconda3-py39_25.1.1-2-Linux-x86_64.sh
   

   　

3. Minicondaのインストール。常にminicondaを使う場合は、conda initの実行をYesにする。

   $ bash Miniconda3-py39_25.1.1-2-Linux-x86_64.sh
   

   　

4. （常にminicondaを使う場合）~/.bashrcに以下があるか確認。なければ以下を追記。

   ~/.bashrc

   # >>> conda initialize >>>
   # !! Contents within this block are managed by 'conda init' !!
   __conda_setup="$('/home/usijimay/miniconda3/bin/conda' 'shell.bash' 'hook' 2> /dev/null)"
   if [ $? -eq 0 ]; then
       eval "$__conda_setup"
   else
       if [ -f "/home/usijimay/miniconda3/etc/profile.d/conda.sh" ]; then
           . "/home/usijimay/miniconda3/etc/profile.d/conda.sh"
       else
           export PATH="/home/usijimay/miniconda3/bin:$PATH"
       fi
   fi
   unset __conda_setup
   # <<< conda initialize <<<
   

condaの環境設定

• condaでライブラリをインストールする際、defaultでconda-forgeを使用。

  $ conda config --add channels conda-forge
  

  (~/.condarcにcondaの設定が記載される。)

ライブラリのインストール

• 解析に便利なライブラリ

  $ conda install numpy
  $ conda install scipy
  $ conda install pandas
  $ conda install matplotlib
  

• 大気海洋の解析に便利なライブラリ

  $ conda install cartopy
  $ conda install eofs
  $ conda install cmocean
  $ conda install netcdf4
  $ conda install pygrib
  # conda install cdo
  # conda install pycdo
  

• WRFの解析に便利なライブラリ

  $ conda install ncl
  $ conda install wrf-python
  

参考URL
https://qiita.com/Ihmon/items/11074e1a4c0e397d934f
https://qiita.com/kazetof/items/adeb331c99d408853f07
https://qiita.com/chatrate/items/bc37e3b7b303e834dd1e