IntelliJ で開発をしていて、TypeScript をトランスパイルするプラグインが動いきました。それによって無駄な JS と map の untracked ができてしまったのでプラグインを止めました。しかしこれらの untracked のファイルだけを消したかったのでいろいろと調べたら以下の方法で解決出来ました。
$ git clean -f
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