対処
下記の手順でアプリをビルドしたところ、うまく動作しました。
git clone <reopsitory>
Xcode > File > Workspace Settings > Build Systems > Legacy Build System
flutter clean
flutter pub get
carthage bootstrap --platform ios
pod clean
pod setup
pod install
flutter run
追加対応
上記対応だけでは足りなかったようで、何かを拍子にまたビルドできなくなりました。
参考リンク2つ目の記事を参考に、Embed FrameworksからFlutter.frameworksを削除したところ、ビルドできるようになりました。
参考
https://github.com/flutter/flutter/issues/20685
Build SystemをLegacy Build Systemにすると解消することが記載されていました。
https://qiita.com/SatoTakeshiX/items/047a313f564879e290ec
Embed Frameworksからframeworkを削除する対応が記載されています。