最近のPandocはMarkdownでdivとspanを表現できて最強に思えます。
なので、紹介します。
日本語訳はこれ↓なんですが、ここに記載がなかったので。
http://sky-y.github.io/site-pandoc-jp/users-guide/

span

spanタグを使いたいですね。
こうすればいいだけです。

[hoge]{#foo .bar name=fuga}

{}の中にattributeを書き込みます。
これはこんな感じになります。

<span id="foo" class="bar" name=fuga>hoge</span>

attributeの{}の中の書き方ですが、
idは#、classは.から書き始めます。
また、それ以外の属性は○○=○○という、HTMLと同じ書き方でいいです。
この辺はMarkdownExtraみたいな方言書き慣れている人はおなじみでしょうね。

div

Markdownでdivタグを使いたいときは「:::」を使います。
「:::」は三つ以上ならいくつでも良いです。そして{}の中にattributeを書き込みます。
attributeがある場合はdivタグの始まり、
attributeがない場合はdivタグの終わりを意味します。

:::{#hoge .fuga}
piyo
:::

これはこうなります。

<div id="hoge" class="fuga">
piyo
</div>

入れ子の場合はこうします

:::{#foo .bar}

:::{#hoge .fuga}

:::

:::

一見ちょっと難しそうにも見えます？(´・ω・｀)
これはこうなります

<div id="foo" class="bar">
<div id="hoge" class="fuga">

</div>
</div>

所詮は方言です(´・ω・｀)
でも、僕はHTML辛いので使うことにしました。