DBスキーマはFlywayで管理する前提で、テスト中の一時的なデータをバックアップ＆リストアするために、Gradleのタスクを作りました。

./gradlew backupH2 flywayClean flywayMigrate restoreH2

みたいにしたかったのですが、Flywayの管理テーブル（schema_version）やFlywayのスクリプトで管理しているデータがあるため、プライマリキー違反になってしまいダメでした。。。

とりあえず、データだけバックアップする方法としてメモを残しておこう。

バックアップとリストアのタスク

バックアップは「Backup using the Script Tool」で作成したスクリプトファイルからCREATE文とALTER文を取り除いているだけです。

build.gradle

apply plugin: 'java'

repositories {
	jcenter()
}


dependencies {
	runtime('com.h2database:h2:1.4.196')
}

// H2を使用するアプリのbuild.gradleが既にある場合は、ここから下を追記するだけで大丈夫なはず。
// スクリプトファイル名、DB接続URLなどは適宜変更する。

// H2のデータのバックアップ
task backupH2(type: JavaExec) {
	classpath = sourceSets.main.runtimeClasspath
	main = 'org.h2.tools.Script'
	args = ['-url', 'jdbc:h2:file:./h2/hoge', '-user', 'sa', '-password', '', '-script', 'data.sql']
	doLast {
		file('data.sql').text = file('data.sql').text.replaceAll(/(CREATE|ALTER)[^;]+;\s*\R*/, '')
	}
}

// H2のデータのリストア
task restoreH2(type: JavaExec) {
	classpath = sourceSets.main.runtimeClasspath
	main = 'org.h2.tools.RunScript'
	args = ['-url', 'jdbc:h2:file:./h2/hoge', '-user', 'sa', '-password', '', '-script', 'data.sql']
}

（追記）改良版

バックアップとリストアの部分の改良版です。
スクリプトファイルに対して、Flywayの管理テーブル（schema_version）のINSERT文を削除し、その他のテーブルのDELETE文を追加しています。

def h2Url = 'jdbc:h2:file:./h2/hoge'
def h2User = 'sa'
def h2Password = ''
def h2ScriptFileName = 'data.sql'

// H2のデータのバックアップ
task backupH2(type: JavaExec) {
	classpath = sourceSets.main.runtimeClasspath
	main = 'org.h2.tools.Script'
	args = ['-url', h2Url, '-user', h2User, '-password', h2Password, '-script', h2ScriptFileName]
	doLast {
		def insertScript = file(h2ScriptFileName).text
		insertScript = insertScript.replaceAll(/(CREATE|ALTER)[^;]+;\s*\R*/, '')
		insertScript = insertScript.replaceAll(/(--|INSERT)[^;]+schema_version[^;]+;\s*\R*/, '')

		def deleteScript = ';\n'
		Set<String> tables = []
		insertScript.findAll(/INSERT INTO ([^\s]+)\([^;]+;\s*\R*/){ g0, g1 -> tables.add(g1) }
		tables.forEach() { table -> deleteScript += 'DELETE FROM ' + table + ';\n' }

		file(h2ScriptFileName).text = deleteScript + insertScript
	}
}

// H2のデータのリストア
task restoreH2(type: JavaExec) {
	classpath = sourceSets.main.runtimeClasspath
	main = 'org.h2.tools.RunScript'
	args = ['-url', h2Url, '-user', h2User, '-password', h2Password, '-script', h2ScriptFileName]
}

自分の環境では

./gradlew backupH2 flywayClean flywayMigrate restoreH2

ができたので、ひとまず良しとしよう。