なんかバージョンが上がってやり方が変わったようです。

まずはバベルをグローバルにインストール。

npm install --global babel-cli

とりあえず初期化して、

npm init

プリセットというやつを入れる。

npm install --save-dev babel-preset-es2015

で、エディタで.babelrcなるファイルを作る。

vim .babelrc

中身はこんなの。

{
  "presets": ["es2015"]
}

サンプル用のjsを書く。

vim sample.js

とりあえずクラスとかで。

sample.js

"use strict";

class Person {
    constructor(name) {
        this.name = name;
    }

    greet() {
        console.log("Hello, I'm " + this.name);
    }
}

var bob = new Person("Bob");
bob.greet();

で、バベル実行。

babel sample.js -o sample-compiled.js

nodeで実行してみる。

node sample-compiled.js

いいんじゃないすかー。