※コメントで takc923 さんに教えて頂いた「optionを押しながらだと解除される」の方が明らかに便利です。on/offしたい人もいるかもしれないので残してはおきます。

tmuxのマウス機能を使った上で普通のコピペ(マウスで選択してcmd+cとか)を同時に実現できる方法は見あたらなかったので

に紹介されていたキーバインドでマウス機能オンオフを割り当てる方法で回避しました。

bind m \
  set -g mode-mouse on \;\
  set -g mouse-resize-pane on \;\
  set -g mouse-select-pane on \;\
  set -g mouse-select-window on \;\
  display 'Mouse: ON'

# Toggle mouse off with ^B M
bind M \
  set -g mode-mouse off \;\
  set -g mouse-resize-pane off \;\
  set -g mouse-select-pane off \;\
  set -g mouse-select-window off \;\
  display 'Mouse: OFF'

で、^b(人による) + m でオン、Mでオフできるのでコピペしたいときだけ手軽にオフにできるようになります。

ちなみに、最初試したとき全く効かなかった(offにしようがマウス機能が効いてしまう)んですが、brewで入れた1.6だとダメだったようです。
iTerm2の最新版に同梱されていた1.8のソースをmakeした1.8に入れ替えるとうまく動きました。
(↓のtmux同梱版の方についていました)
http://code.google.com/p/iterm2/downloads/list

基本はキーボードで操作しているとは言え、paneの切り替え、paneのresizeとかログ見るときのスクロールにマウスが使えるとかなり便利です。

お役に立てれば幸い。