jQueryでチェックボックスを操作するには".attr"と"prop"を使う方法があります。
$(要素).attr("checked", true);
$(要素).prop("checked", true);
".attr"を使う方法だと二回目以降に動作しない現象が発生します。".prop"を使う方法だと正常に動作するのでjQueryでチェックボックスを操作するときはこちらを使うようにした方がいいみたいです。
サンプルコード
<apex:page >
<apex:includeScript value="//ajax.googleapis.com/ajax/libs/jquery/1.9.1/jquery.min.js" />
<style>
#chk div {
margin: 5px 0;
}
</style>
<div id="chk">
<div>
<input type="checkbox" id="inputCheck" onchange="return changeChecked(this);" />
<label for="inputCheck">Check!!</label>
</div>
<div style="margin-top: 15px;" />
<div>
<input type="checkbox" id="outputAttrChecked" />
<label for="outputAttrChecked">Attr</label>
</div>
<div>
<input type="checkbox" id="outputPropChecked" />
<label for="outputPropChecked">Prop</label>
</div>
</div>
<script>
var $j =jQuery.noConflict();
function changeChecked(chk) {
$j('#outputAttrChecked').attr("checked", chk.checked);
$j('#outputPropChecked').prop("checked", chk.checked);
return false;
}
</script>
</apex:page>