PyMongoでこのエラーが出た時の対処法が1つにまとめられていなかったので、ここに記述します。
こちらの記事によると、2つの原因が考えられるという。
https://qiita.com/koshilife/items/bece28d331cda5469c33
- タイムアウトの設定時間超過
- バッチ取得サイズ16MBを超えた時
##タイムアウトの設定時間超過
タイムアウトの設定時間超過が原因の場合、no_cursor_timeout=Trueのオプションを追加する事によって解決ができる。そして、cursorは使用後に自分で閉じる必要があるので、cursor.close()を記述する。
cursor = collection.find(query, no_cursor_timeout=True)
cursor.close()
##バッチ取得サイズの超過
バッチ取得サイズの超過が原因の場合、batch_size=10のオプションを追加する事によって解決ができる。ただしbatch_sizeは自分の環境に合わせて適切な値に設定してください。
cursor = collection.find(query, batch_size=10)