csc.exe での実行ファイル作成に限界を感じたのでMSBuild.exeを使うこととした。

ファイル

main.csproj

<Project ToolsVersion="4.0" xmlns="http://schemas.microsoft.com/developer/msbuild/2003">

  <ItemGroup>
    <Compile Include="*.cs" />
  </ItemGroup>

  <Target Name="Build">
	  <Csc Sources="@(Compile)" References="@(Reference)" />  
  </Target>

</Project>

References=でdll読み込みの指定を渡すことができる。
ToolsVersion="4.0"を書かないと古いC#の記述方法しか使えなかった。
ソースファイル

main.cs

using System;

namespace ConsoleApp1 {
    class Program {
        static void Main(string[] args) {
            Console.Write("hello");
        }
    }
}

ビルドスクリプト

compile.bat

del main.exe

C:\Windows\Microsoft.NET\Framework\v4.0.30319\MSBuild.exe ^
    main.csproj

main.exe

pause

実行ファイルを作る

DLLの追加

main.csproj

<Project ToolsVersion="4.0" xmlns="http://schemas.microsoft.com/developer/msbuild/2003">

  <ItemGroup>
    <Compile Include="*.cs" />
    <Reference Include="QRCodeEncoderDecoderLibrary.dll"/>
  </ItemGroup>

  <Target Name="Build">
	  <Csc Sources="@(Compile)" References="@(Reference)" />  
  </Target>

</Project>