結論

ダウンロードしたとき、ファイルつくに拡張属性com.apple.quarantineがわるさをしていたみたい。
なので以下のコマンドでcom.apple.quarantine削除をする。

xattr -d com.apple.quarantine ./cgi-bin/upload_file.py

ことの始まり

前提

├── cgi-bin
│   └── upload_file.py
└── local_server.py

local_server.py

import http.server
http.server.test(HandlerClass=http.server.CGIHTTPRequestHandler)

cgi-bin/upload_file.py

#!/usr/bin/env python3
print("Content-Type: text/plain")
print("")

print("Hello World")

「PythonでCGIを利用しCGI経由でPythonを実行しよう。」という内容の課題だった。

課題のテンプレートからダウンロードしてブラウザからアクセスしても

zsh: operation not permitted: ./cgi-bin/upload_file.py

Permission deniedではなく上記のエラーが出てきた。

調べるとフルディスクアクセスがどうのこうので思い当たる節に当ててみた。

しかしどれに与えても今回は解決する様子がなかった。

調べてるとこんなフォーラムがあった。
operation not permitted running shell scripts
どうやらファイルにはxattrというファイルに拡張属性をつける機能があるらしくその操作と説明は
xattr コマンドの使い方／ヘルプの日本語訳（macOS でパーミッションの@付き拡張属性の操作）
が非常にわかりやすかった。

今回はダウンロードしたときにつくcom.apple.quarantine属性がわるさをしていたみたい。

xattr -d com.apple.quarantine ./cgi-bin/upload_file.py

で削除すると無事成功した。