IMAP サーバ側でメールを振り分ける場合、managesieve サーバに接続して、メールを振り分ける規則を記述した Sieve スクリプトをアップロードする必要があります。

以下は、私が使っている Sieve スクリプトの一部抜粋です。

require ["fileinto"];
# X-Spam-Flag: YES があるメールは迷惑メールボックスに振り分け
if header :is "X-Spam-Flag" "YES"
{
    fileinto "Junk";
    stop;
}
# root/postmaster 宛のメールは管理者用メールボックスに振り分け
if anyof (address :localpart :is "to" "root",
          address :localpart :is "to" "postmaster")
{
    fileinto "Administrator";
    stop;
}
# 別メールアドレス（携帯電話）に転送
if true
{
    redirect "foo@example.net";
}
# 全てのメールを受信箱に格納
keep;

その上で、Emacs 上で managesieve サーバに接続するには M-x sieve-manage RET としてやればよいのですが、Dovecot 附属の managesieve サーバに接続する場合、認証に失敗して以下のエラーメッセージが出ることがあります。

Server aborted SASL authentication: Received empty AUTHENTICATE client response line.

これは、http://borg4.vdomains.jp/~goro/diary/2012/1765 で解説されている問題と、まったく同じ問題だと思われますので、DIGEST-MD5 を無効化してやれば良いようです。つまり、以下のように使いたい認証方式だけを選んで、~/.emacs に書いておけば良いわけです。

(setq sieve-manage-authenticators '(cram-md5 plain login))