多数のファイルをまとめてリネームしたいときに利用できるコードです。

rename.R

# wdの設定（リネームしたいファイルがあるフォルダのパス）
setwd("hogehoge")
getwd()

# ファイル名の取得をして、ファイルリストを作成
write.csv(list.files(), 'list.csv')

①で作成したファイルリストに変更後のファイル名を追加する。

データフレームで変更前のファイル名と変更後のファイル名を入れて、
for文で回していく。

rename.R

# データフレームの読み込み
df <- read.csv("list.csv")

for (i in 1:nrow(df)) {
  file.rename(df[i,2],df[i,3])
}