▼感想
横方向(x,W,i)を示す記号と、縦方向(y,H,j)を示す記号が混ざってしまわないように意識する必要があると感じました。コメントとしてコードに書いておくのがよいと思います。
▼コード
# 横方向 x,W,i
# 縦方向 y,H,j
########## 処理0(準備) インプット,リスト定義など ###########
H,W = map(int,input().split())
S = [[0 for i in range(W)] for j in range(H)]
for j in range(H):
S[j] = list(input())
y,x = map(int,input().split())
########## 処理1 マップの書き換え、マップの出力 ##########
if S[y][x] == ".":
S[y][x] = "#"
else:
S[y][x] = "."
for j in range(H):
print(*S[j],sep='')