#対処法1　(1文字ショートカットに、2文字目を設定する場合)
##1.ショートカットキーの設定を変更(1文字ショートカットのみ)
1.1.File/ Settings...　でSettings画面を開く

1.2.KeyMapのショートカットキー検索(ショートカットの検索の右隣にあるボタン)で、ショートカットを検索する
※First Strokeのみ入力
(検出されない場合は、ショートカットキーの設定忘れ。ショートカットキーを設定した時に、OKかApplyを押下せずに設定ウインドウを閉じた場合などに、よく発生する。)

1.3.ショートカットキーの設定を変更する
・右クリック/　Remove (ショートカットキー)
で、現在のショートカットキーを消す

・Add Keyboard Shotrcut
で、ショートカットキーを割り当てる
※First StrokeとSecond Strokeに同じキーを割り当てておくなど。
(この場合は、ショートカットキーの2度押しでショートカットを呼び出せる)
※First Strokeのみ設定する場合は、他のショートカットキーと衝突しないように注意。

#対処法2　(衝突しているショートカットをすべて解除する場合)
##1.ショートカットキーが衝突している項目の検出
1.1.ショートカットキーの押下後、すぐにスクリーンショット(PrintScreen)を取る

1.2.ペイントなどに貼り付けて、一番下の方を見る

1.3.Prefix Key Pressed. ・・・と表示されている場合は、
表示された項目が、ショートカットキーの1番目のキーが他と衝突しているので、
ショートカットキーの設定を変更する。(=> 手順2)
##2.ショートカットキーの設定を変更(衝突しているものすべて)
2.1.File/ Settings...　でSettings画面を開く

2.2.KeyMapの検索欄で、手順1.3で表示された項目を検索する
※First Strokeのみのショートカットと、Second Strokeも設定されているショートカットが混在する場合は、ショートカットキーの検索(First Strokeのみ)では、Second Strokeが設定されているものが表示されない。(手順1で、スクリーンショットを取った理由)

2.3.ショートカットキーの設定を変更する
・右クリック/　Remove (ショートカットキー)
で、使いたいキーとFirst Stroke(1番目のキー)が衝突しているものを消す

・Add Keyboard Shotrcut
で、他のショートカットキーを割り当てる

必要に応じて、手順2.2～2.3を繰り返す。

#原因
ショートカットの1番目のキーが、他のショートカット(2番目のキーも設定あり)と一致している場合、2番目のキー待ちとなるので、1番目のキーのみ設定したショートカットが呼び出せないため。