レジストリを変更する場合は、慎重に！
(作業前にバックアップを取るなど。)

念のため。レジストリの編集は自己責任で。

#レジストリの確認
##MuiCacheに存在しないパスが登録されていないか、確認する。
場所：
HKEY_CLASSES_ROOT\Local Settings\Software\Microsoft\Windows\Shell\MuiCache
※Vista以降。(XPまでは場所が異なる)

キー:
(ソフトのパス)
※ここが、存在しないパスになっている事が多い。

値：
(REG_SZ) (ソフトのファイル名)

##対処法
キーを正しいパスに変更する、または、不要なキーを削除する。
レジストリ反映のため、再起動。

正しく設定できていれば、ファイルを右クリックした時に表示される「プログラムから開く」のリストに、(すでに関連付けしてある場合は)ソフトが表示されているはずです。

#レジストリで、他に関連する場所
##拡張子ごとの、「開く」への関連付け
(確認のみ。変更は不要です。)
HKEY_CURRENT_USER\Software\Microsoft\Windows\CurrentVersion\Explorer\FileExts\ (拡張子)\OpenWithList
キー：
a など
値：
(REG_SZ) (ソフトのファイル名)
※パスではなくファイル名(パス無しで、~~.exeの部分のみ)。ある意味、これが原因・・

##その他
関連付けができないソフトがある場合は、
HKEY_CLASSES_ROOT配下で、そのソフト名を検索しましょう。

HKEY_CLASSES_ROOT\Applications\ (ソフトのファイル名)\shell\open\command
HKEY_CLASSES_ROOT(拡張子などに応じた名前)_auto_file\shell\open\command
などに登録されているパスが間違っている場合があります。
(違っている場合は、必要に応じて、修正しましょう。)

ということで、今回は、プログラムにあまり関係なかったかも？
何かの役に立てば！