対象のcsv

hoge	fuga	
123456	987654
234567	876543
345678	765432

コード

$fopen = fopen("ファイルのパス", "r"); // READで出力
$header = fgetcsv($fopen, 0, "\t"); // ヘッダー行だけ取れる

$rows = file("ファイルのパス"); // 行ごとの配列ができる
unset($rows[0]); // 先頭はヘッダーなので削除

$list = [];
foreach ($rows as $row) {
    $split_row = preg_split("/\t/", $row); // タブで区切って配列にする
    $arr = array_combine($header, $split_row); // ヘッダーをキーとして連想配列にする
    $list[] = $arr;
}
return $list;

結果

array (size=3)
  0 => 
    array (size=13)
      'hoge' => string '123456' (length=8)
      'fuga' => string '987654' (length=5)
' (length=56)
  1 => 
    array (size=13)
      'hoge' => string '234567' (length=8)
      'fuga' => string '876543' (length=5)
' (length=33)
  2 => 
    array (size=13)
      'hoge' => string '345678' (length=8)
      'fuga' => string '765432' (length=5)
 (length=48)