コマンドラインからHIVEコマンド経由でHQLを叩く方法として、
hive -e "SELECT * FROM hoge_table;"
と書けます。
しかし、この書き方では、hoge_tableのデータベースがdefaultにある場合のみ実行できます。
データベースを指定して書く場合には、一行の中で
hive -e "USE foo_db; SELECT * FROM hoge_table;"
とすると、foo_dbのhoge_tableが選択されることになります。
もちろん、foo_dbのhoge_tableがなければいけません。
fileの中にHQLを書いた場合の実行は、
hive -f /path/to/hivescript.hql
と書くことができます。